Tim Templeton ha sette anni ed è un bambino felice. Almeno fino a quando non arriva un nuovo fratellino: Baby Boss. Quando scopre che Baby Boss è in realtà un agente sotto copertura della Baby Corp., Tim decide di aiutarlo nella sua missione: impedire alla Puppy Co. di lanciare sul mercato un cucciolo più adorabile di qualunque bambino. I due fratelli dovranno imparare a fare squadra per salvare nientemeno che il mondo.